資金鏈供應不足
廠商一體化需要投入大量的人力、物力、財力作為其堅強的后盾。比如，要實現渠道的扁平化，必須招收大批業務人員去執行，而這些業務人員除了工資外，還需要支付大筆的差旅費用、通訊費用等，要配備足夠的車輛來輔助客戶完成網點建設和鋪貨，大大增加了物流成本，要配套大量的宣傳品、促銷品等。
與代理商關系惡化
現在很多一線木門品牌，在很多區域找不到木門代理商。除了各級業務無休止地給客戶壓任務、得不到保護的惡性渠道沖突外，因為木門企業的廠商一體化建設，導致原區域客戶的代理權受到威脅，和原區域的一級代理發生矛盾的事宜不斷增多，有的甚至反目成仇、分道揚鑣，在一些區域市場，一些一線木門品牌為此遭到了大部分一級商的抵制，竟然找不到經銷商。
管理漏洞不斷
渠道的層級多了、客戶多了、銷售人員多了，管理的內容和層級也就多了，這勢必對管理提出了更高的要求。無論是在制度、流程、監管考核，還是在后臺強大的數據分析管理系統都需要有更為完善的體系與之相配套，對后臺的管理、服務人員的能力和人員數量上，也提出了更高的要求，否則，稍有不慎，就會有管理漏洞，使扁平化建設不能很好地執行或達不到預期效果。這么多的項目、流程和人員，也肯定會增加管理成本。
部分木門企業渠道下沉到鄉鎮甚至是村級之間，與代理商的矛盾也持續惡化，龐大的管理體系也需要優秀的管理人才，人才的缺失也是一大問題，再加上資金的沉重負擔，這些都讓部分木門企業的后一體化時代而舉步維艱，但是只要堅持下去，找出有效的途徑，市場必將出現一片藍圖。
大品牌廠家為了更好地實現對終端客戶的服務，落實其經營政策和維護市場秩序，利用自身品牌的強勢地位，對經銷商進行嚴格的管理與控制，要求經銷商更加專注地經銷他們的品牌。為此，上游廠家必須嚴格篩選經銷商，致力于培養有能力和有潛力的經銷商，并且將這些經銷商嵌入到自己的經營網絡中，一體化經營，從而實現雙方關系的穩定發展，同時，這也是形成廠商一體化的前提條件。
